霉菌菌落由孢子和菌丝组合而成，十分扩散，在直径9厘米的平皿里，菌落数稍多一点就容易互相交叉重叠，影响计数，但数量太少又会产生很大的误差，因此在进行霉菌检测实验中，选择适合的稀释度接种培养多天后进行计数是保证霉菌计数结果准确的方法及必不可少的环节之一。
有科学家对这方面作了相关观察研究，首先是将实验菌株的斜面培养物制作成带有约106个/毫升的孢子悬液，并用血球计数器在显微镜下精准计数，然后将孢子悬液作10¹~10⁶倍稀释，吸取不同稀释度的稀释液接种于PDA培养基，25℃培养5天后再进行计数。对30种普遍常见霉菌的两种不同计数方法所得到的结果进行比较证明，大多数菌株每平板带有10~50个菌落的稀释度时的计数与显微镜计数结果最贴近；有近半的菌株，每个平板含50~100个菌落的话计数会比较困难，而大多数菌株，超出100个/平皿或低于10个/平皿的计数结果就与显微计数结果存在很大差异，因此，应尽可能选择10~50个/平皿的稀释度进行霉菌计数。
而对上面提及的菌丝很丰富、菌落很扩散的毛霉、根霉、犁头霉等菌株，则应在更少的范围内计数(30个/平皿以内)。为控制霉菌的生长速率和菌落的生长范围，可在培养基中添加少量的抗生素，比如氯霉素(50~100mg/L)，金霉素(20~100mg/L)，庆大霉(50mg/L)，土霉素(100mg/L)等。
关于霉菌检测的相关标准：《GB 4789.15-2016 食品安全国家标准 食品微生物学检验 霉菌和酵母计数》