吴清平院士主要致力于食品微生物安全监测和控制技术及相关基础研究。面对我国食品行业出现严重的微生物安全风险，从基础研究着手，发明先进的共性监控技术和建立起相关理论体系；研制出重点产业食品安全控制技术和与国际接轨的先进标准，解决食品安全中的重要科学问题和关键技术难题，显著推动了我国食品安全科学理论不断提升和产业健康发展。
吴清平院士主持国家和省部级重大科研项目45项，取得经鉴定国际先进水平成果39项；在国内外学术期刊发表论文370余篇；获授权发明专利57件,实用新型专利13件；制定国家及地方标准11项。他主持的项目获国家科技进步二等奖2项，省部级一等奖5项、二等奖1项，中国专利优秀奖2项,广东省专利金奖1项。吴清平院士被评为全国优秀科技工作者，获得何梁何利创新奖、中国饮料业科技工作成就奖、广东省首届发明人奖、南粤突出贡献奖，入选广东省“南粤百杰”人才培养工程，是国务院政府特殊津贴专家、第十三届全国人民代表大会代表。